کتابخانۀ مرکز در خرداد ماه 1363 با اهداء مقداری کتاب از جانب رئیس مرکز دائرةالمعارف بنیاد نهاده شد. هدف از تشکیل آن گردآوری اطلاعات مکتوب و غیرمکتوب مورد نیاز محققان و نویسندگان مرکز و ایجاد تسهیلات در امر پژوهش، از طریق گردآوری منابع و تجهیزات مورد نیاز و ارتباط با مؤسسات و مراکز علمی - فرهنگی داخلی و خارجی است.
تلاشهای بیوقفه در طی سالیان که توأم با رنج و مشقت فراوان بوده و کوششهای پیگیر و بیدریغ گروهی از کارکنان و کارمندان کتابخانه و دانشپژوهان و محققان مرکز و دوستداران فرهنگ اسلام و ایران، این کتابخانه هم اکنون به صورت یکی از معتبرترین کتابخانههای تخصصی کشور درآمده است. در حقیقت تلاش گسترده ای که پیش از تأسیس این کتابخانه در راه گردآوری کتابهای چاپی، خطی، عکسی، فیلم و میکروفیلم، اسناد و و نامههای تاریخی، عکس و اسلاید و نیز، تهیه مجلههای معتبر علمی و نشریات ادواری، به زبانهای گوناگون و تهیه اطلسهای جغرافیایی و سایر مواد کتابخانهای مانند فیلم، نوارکاست، و سی دی رام آغاز شده بود، همچنان با شتاب ادامه دارد. حضور در نمایشگاههای کتاب، در داخل و خارج از کشور، تهیه مستمر کتابها، مجلهها و نشریههای ادواری تازه و چاپهای جدید کتابها و مجلههای کهن، از یک سو و پرس و جو از سرنوشت مجموعههای نفیس خصوصی و کوشش برای خرید یا جذب آنها، از سویی دیگر و تصویربرداری از کتابها و مجلههای قدیمی و کتابهای کمیاب موجود در کتابخانههای عمومی و خصوصی از دیگر سو، از فعالیتهای پرثمر و پربار کارکنان و دستاندرکاران کتابخانه مرکز بوده است.
اضافه بر این کوششها، در راه غنیسازی کتابخانه، علاوه بر خرید ده مجموعه اختصاصی ارزشمند، همّت والای تنی چند از فرهیختگان بزرگوار عرصه علم و فرهنگ، برای تثبیت و پاسداری از این جنبش فرهنگی را نیز نباید نادیده گرفت که با اهدای کتابخانههای خصوصی و مجموعههای نفیس کتابهای خطی، عکسی و چاپی خویش همراه با اسناد و مدارک و نامههای تاریخی و نشریات ادواری، به گسترش این کتابخانه کمک نموده و به یاری این مرکز علمی شتافتند
بدینسان کتابخانهای شکل گرفت که تا پایان 1387 ش: 514911 جلد کتاب چاپی (بهزبانهای فارسی، عربی، انگلیسی، فرانسه، آلمانی، روسی، ترکی و دیگر زبانها)، 1893 مجموعه خطی (بهزبانهای فارسی، عربی و ترکی) 9108 مجموعه عکسی، 3928 عنوان نشریه علمی، 5889 جلد پرونده علمی تجلید شده، 1310 حلقه میکروفیلم مربوط به نسخههای خطی و اسناد، 11693 برگ فرمان و نامههای تاریخی، 4010 حلقه اسلاید و عکس، 000‘10 قطعه عکس سکههای تاریخی، 2362 عدد لوح فشرده، 22 هزار عنوان کتاب دیجیتالی در خویش جای داده است.