از جمله مشکلات مدرسه هوشمند وجود نرمافزارهای استاندارد و مطابق با رویکرد کتابهای درسی، ایجاد بانکهای اطلاعاتی قوی به زبان فارسی و دستیابی دانشآموزان از مدرسه یا منزل به اینترنت پرسرعت در به انجام رسیدن این طرح ضروری به نظر میرسد.
همچنین تجهیزات آموزشی مخصوص مدارس هوشمند مانند لپ تاپ، اینترنت پر سرعت و غیره .... باید در اختیار معلمان قرار گیرد.
ویدیو پروژکتورهها ممکن است هر چند ماه یکدفعه دچار مشکل شود و نیاز به تعمیر داشته باشد.
معلمان باید در زمان نوشتن بر روی تخته های هوشمند دقت کنند که در هنگام نوشتن خط نیافتد.
یکی دیگر از مشکلات مدرسه هوشمند دانش آموزان به امور تربیتی کمتر توجه می کنند.
مشكل اقتصادي بسياري از خانواده ها براي تامين حداقل يك دستگاه كامپيوتر يكي از مهمترين موانع موجود در مسير موفقيت مدارس هوشمند است و اين مساله زماني بيشتر محسوس خواهد بود كه مدارس هوشمند در مناطق مختلف تعميم داده شود چون، در حال حاضر حتي درصد قابل توجهي از دانش آموزان مناطق برخوردار نيز امكان تهيه كامپيوتر در منزل را ندارند.